Unit Kesehatan Santri (UKS) Pondok Pesantren Al Anwar 3 merupakan bagian dari struktur kepengurusan Pondok Pesantren Al Anwar 3, yang bekerja secara profesional dengan mengedepankan akhlak islami serta memberikan pelayanan kesehatan kepada para santri dan aktif dalam menyerap juga menyalurkan informasi seputar kesehatan di Pondok pesantren Al Anwar 3. Sub. UKS bertugas mengecek dan melayani santri dalam bidang kesehatan.
Bidang ini mengurusi segala hal yang berkaitan dengan kesehatan santri. Mulai dari fasilitas berupa kamar inap, beserta alat-alat kesehatan seperti obat penanganan bagi santri yang sedang sakit.
Selain itu, Bidang Kesehatan juga selalu bekerja sama dengan beberapa Puskesmas terdekat terkait dengan pelaksanaan-pelaksanaan program kesehatan yang telah dibentuk oleh Menteri Kesehatan, seperti program vaksinasi di masa pandemi Covid-19 yang sempat melanda, dan sebagainya.